Juan Pérez es un portero de envergadura, sus cualidades no pasaron desapercibidas para el club navarro cuando formaba parte de la SD Huesca como juvenil de primer año, incorporándolo a su cantera, hace nueve años. Como rojillo, ha participado en 17 encuentros con el primer equipo, llegando a debutar en Primera División en el curso 2019/2020 con 23 años. De hecho, fue el guardameta titular en la última visita del CA Osasuna a El Alcoraz, un año después de su debut, también en la máxima categoría. En total, ha participado en siete encuentros en LaLiga Santander, ocho de Copa del Rey y dos en LaLigaSmartBank, además de 42 partidos como portero del filial rojillo.